С 2015 года секретарем Московского епархиального управления является протоиерей Михаил Егоров.
Епархия разделяется на благочиннические округа во главе с благочинными, назначаемыми епархиальным архиереем. Сегодня в Московской епархии 51 благочиннический округ, включая монастырский.
Благочиннические округа объединяют 1216 приходов и 25 монастырей. Параллельно идет процесс организации новых приходов и передачи им разрушенных храмов. В тех местах, где храмов не было исторически, начинается строительство новых.
В 2020 году в Московской епархии совершают служение 1613 клириков, из которых 1495 священников и 118 диаконов